Flamurtari, 11 finalet dhe 3 trofetë në KupëFlamurtari e ka fituar tri herë Kupën e Shqipërisë në vitin 1985, 1988 (të dyja kundër Partizanit) dhe 2009 kundër Tiranës. Po tri herë e ka fituar Kupën edhe Teuta e Durrësit.

Flamurtari, fituesi në fuqi i Kupës së Shqipërisë, në turin e parë Naftëtarin (6-1, 3-2), në të dytin Bylisin (1-1, 2-1), në të tretin Partizani (1-0, në përballjen teke) dhe në gjysmëfinale Shkumbinin (1-0, 1-1). Në finale fitoi me Tiranën me rezultatin 2-1.

Flamurtari për herë të parë ka luajtur një finale në vitin 1960, ku humbi të dy takimet me Dinamon, me të njëjtin rezultat: 1-0. U rikthye në finale pas 23 vjetësh, ku humbi me Tiranën në vitin 1983 me rezultatin 1-0.

Një vit më pas, 1984, humbi sërish me Tiranën 2-1. Në vitin 1985 fitoi 2-1 me Partizanin (Ruci e Bubeqi, autorë të golave), duke regjistruar edhe trofeun e parë në këtë kompeticion.

Në vitin 1987 humbi me Vllazninë 3-0 e fitoi 3-1 me shkodranët, por pa mundur ta fitojë Kupën. Në vitin 1998 fitoi 1-0 me Partizanin (gol i Bubeqit), duke fituar trofeun e dytë.

Në vitin 1990 u përball në finale me Dinamon. 120 minutat përfunduan 1-1. Dinamo fitoi me 11-metërsha 4-2. Në vitin 1991, e njëjta situatë u përsërit edhe me Partizanin: 1-1 në lojë dhe 5-3 me penallti.

Në vitin 1996, Flamurtari humbi barazoi në finale 1-1 me Tiranën,  por humbi me penallti 4-3.

Edhe në vitin 1997, Flamurtari humbi po nga pika e bardhë. 120 minutat me Partizanin përfunduan 2-2, ndërsa penalltitë shkuan 4-3 për Partizanin.

Në vitin 2009, Flamurtari fitoi 2-1 me Tiranën, golat nga Mema e Zeqiri.

Flamurtari e ka fituar tri herë Kupën e Shqipërisë në vitin 1985, 1988 (të dyja kundër Partizanit) dhe 2009 kundër Tiranës. Po tri herë e ka fituar Kupën edhe Teuta e Durrësit. 

E Merkure, 06 Maj 2009