Karaxhiçi mbron veten, procesi kundër tij vazhdon
por madhërinë e popullit serb, u shpreh në fillim i akuzuar për krime lufte dhe gjenocid ndaj myslimanëve të Bosnje-Hercegovinës. Ai i hodhi poshtë akuzat, sipas të cilave, kanë ekzistuar plane për dëbimin e myslimanëve nga Bosnje-Hercegovina. Qëllimi i serbëve, sipas tij, ishte mbrojtja e Jugosllavisë dhe jo krijimi i republikës Serpska. Për shpërthimin e luftës në Bosnje-Hercegovinë, ish-lideri i serbëve akuzoi krerët e Partisë së Aksionit Demokratik të ish-presidentit Alija Izetbegoviq, të cilët sipas tij, kanë patur si qëllim sundimin fundamentalist ndaj shumicës së krishterë të serbëve dhe kroatëve. Ai quajti fajtorë shumë politikanë perëndimorë, kryesisht ata amerikanë, gjermanë dhe britanikë. Gjykata e OKB, për krimet në ish Jugosllavi e akuzon Radovan Karaxhiçin për krime lufte dhe gjenocid ndaj myslimanëve të Bosnje-Hercegovinës.