Shorti i Kupes UEFA

40 ekipet fituese do të kalojnë në fazën me grupe, i përbërë nga 8 grupe me nga 5 skuadra, e që fillon në tetor. Ndeshjet e para do të luhen më 14 shtator dhe ndeshjet e kthimit më 28 shtator.

Ndeshjet e para: 14 shtator 2006
Cernomorets (Ukrainë) - Hapoel (Izrael)
Braga (Portugali) - Kievo (Itali)
Levadia (Estoni) - Njukasëll (Angli)
Molde (Norvegji) - Reinxhers (Skoci)
Standard (Belgjikë) - Selta (Spanjë)
Haifa (Izrael) - Liteks (Bullgari)
Deri (Irlandë) - PSG (Francë)
Herta (Gjermani) - Odense (Danimarkë)
Legia (Poloni) - Austria V (Austri)
Panathinaikos (Greqi) - Metalurg (Ukrainë)
Lokomotiva M (Rusi) - Varegem (Belgjikë)
Sparta e Pragës (Ceki) - Harts (Skoci)
Fenerbahce (Turqi) - Randers (Danimarkë)
Salcburg (Austri) - Blekburn (Angli)
Shalke (Gjermani) - Nansi (Francë)
Etnikos (Qipro) - Lens (Francë)
Liberec (Ceki) - Crvena Zvezda (Serbi)
Alkmar (Holandë) - Kajserispor (Turqi)
Rubin Kazan (Rusi) - Parma (Itali)
Brondbi (Danimarkë) - Eintraht (Gjermani)
Atromitos (Greqi) - Sevilja (Spanjë)
Beshiktas (Turqi) - CSKA S (Bullgari)
Vitoria (Portugali) - Herenven (Holandë)
Marsejë (Francë) - Mlada Boleslav (Ceki)
Atvidabergs (Suedi) - Grasshoppers (Zvicër)
Rapid (Rumani) - Nacional (Portugali)
Trabzonspor (Turqi) - Osasuna (Spanjë)
Bazel (Zvicër) - Rabotnicki (Maqedoni)
Uest Hem (Angli) - Palermo (Itali)
Fejnord (Holandë) - Lokomotiva (Bullgari)
Ruzomberok (Sllovaki) - Bruzh (Belgjikë)
Sion (Zvicër) - Leverkusen (Gjermani)
Partizan B (Serbi) - Groningen (Holandë)
Ksanti (Greqi) - Dinamo B (Rumani)
Sllavia P (Ceki) - Totenhem (Angli)
Start (Norvegji) - Ajaks (Holandë)
Artmedia (Sllovaki) - Espanjol (Spanjë)
Visla K (Poloni) - Iraklis (Greqi)
Livorno (Itali) - Pashing (Austri)
Dinamo Z (Kroaci) - Okser (Francë)
Ndeshjet e kthimit, më 28 shtator